Em 24 de junho de 1994, reuniram-se alguns Irmãos pertencentes ao Quadro de Obreiros da Loja Cavaleiros da Luz Nº 60 do Oriente de Cornélio Procópio, com o propósito de fundar, no mesmo Oriente, uma nova Oficina, para trabalharem “homens livres e de bons costumes”
Assim surgiu a Loja São João de Jerusalém Nº 99 que recebeu a sua Carta Constitutiva Provisória, em 3 de agosto de 1994, cujo Veneralato estava o Irmão Antônio Pinto dos Santos, iniciando os trabalhos e compartilhando as instalações da Loja Cavaleiros de Malta Nº 7.
Em 23 de junho de 1995 a Loja São João de Jerusalém, recebeu a Carta Constitutiva Permanente conforme Decreto Nº025-1992/1995, assinado pelo Grão Mestre a época, Irmão Sidney Pinto.
Ao final de 2009, inicio de 2010, cujo 1º Malhete estava o Irmão Álvaro Francisco Talhetti, os obreiros tomaram a decisão de desdobrar esforços, no sentido de construir um prédio próprio. Na esteira de extensão de fatos, os Irmãos que constituíam o Quadro de Obreiros, conquistaram um terreno na Rua Mario Concatto, 99; condição que possibilitou, com a permissão e para glória do Grande Arquiteto do Universo, o lançamento da Pedra Fundamental em 30 de junho de 2010.
Em 24 de junho de 2011, foi Sagrado o Templo em Sessão Magna, com a presença do Sereníssimo Grão Mestre Irmão Iraci da Silva Borges, sendo Venerável Mestre (interino) o Irmão Hélio Luiz Parreiras.
Importante destacar que, desde a sua Fundação a Loja São João de Jerusalém Nº 99 tem procurado cumprir com a sua Missão precípua junto a sociedade local e regional, reverenciando o papel de “Construtor Social”, promovendo seus Obreiros como legítimos coadjuvantes e propagadores do amor, do aperfeiçoamento dos costumes, da tolerância, da igualdade das convicções de cada ser humano, dentro do Estado Democrático de Direito.
A Gestão 2020/2022, está assim constituída:
| Cargo | Nome | |
| Venerável: | José Ricardo de Oliveira | |
| Orador: | Antonio Mercante | |
| 1º Vigilante: | Ronivaldo Boletta | |
| 2º Vigilante: | Guilherme Zuin de Carvalho | |
| Secretário: | Bruno Henrique Silva Rigão | |
| Tesoureiro: | Jancer Frank Zanini Destro | |
| Hospitaleiro: | Jovino Feliciano Ferreira | |
| Chanceler: | Reinaldo Veronezi |
O Sereníssimo Grão Mestre Irmão Marco Antônio Corrêa de Sá e o Eminente Deputado do Grão Mestre Irmão José de Faria representando a Grande Loja do Paraná, externam seus cumprimentos a todos os Obreiros da Loja São João de Jerusalém Nº 99 no Oriente de Cornélio Procópio, pela passagem do 26º Aniversário de Fundação. Que a Loja continue crescendo, executando junto com seus Obreiros o papel de Construtor Social, a bem da Pátria e da Humanidade.
